しかし、
日本シリーズでは奮闘するもなかなか日本一の栄冠に届かず、ここでも「悲運のエース」と呼ばれることとなった。
1958年の日本シリーズにおいては、西鉄のエース・
稲尾和久と並ぶ6試合に登板、
防御率1.09を記録したものの、打線の援護なく1勝2敗に終わった。このシリーズでは、3勝1敗で迎えた第5戦、3-2と1点リードの9回裏2死3塁、あとアウト1つで日本一という場面まで迫ったが、このシリーズ不振だった
関口清治に対し、胸元にシュートを投げ起死回生の中前タイムリーヒットを浴びている。結局この試合は稲尾のサヨナラホームランで西鉄が勝利、西鉄奇跡の逆転優勝につながるのだが、藤田によれば関口の打球は藤田の右肩口の上を力なく飛んでいったといい、「右手をちょいと出せば取れたのではないかと今でも思うことがあるよ」と後年になってもよく思い出していたといい、選手、監督として様々なタイトルや表彰に恵まれた藤田が「たった1つ取れなかったもの」とも語っている。
[文春ビジュアル文庫「豪球列伝」文藝春秋社]。